石榴貯藏后期容易發生腐爛，腐爛多發生在靠近果實萼筒的部位。引起腐爛的病原菌在石榴栽培過程中已經寄生于這個部位，隨著貯藏時間的延長，果實自身抵抗能力下降，病狀開始顯現。
發病初期石榴果實出現水浸狀斑塊，發病后期果實表面密生黑褐色、細沙大小的顆粒狀物，發病后癥狀主要表現為軟腐和干腐。
《中國真菌總匯》中記載石榴上的真菌有：黑曲霉(aspergillus niger)、產紫青霉(penicillium purpurogenum)、石榴鮮殼孢(zythia versonlana)、石榴小赤殼(nect-riella versoniana)和石榴外殼孢(aposphaeria punicina)5種，其中引起石榴干腐病的是石榴鮮殼孢(zythia versonlana)，其有性階段為石榴小赤殼(nectriella verso-niana)。
付娟妮等采用柯赫氏法則和分子鑒定方法對陜西臨潼石榴病原菌進行分離鑒定，確定導致石榴干腐和軟腐的病原真菌均為葡萄座腔菌(botryosphaeria do-thidea)。張潤光等通過石榴主要病害外部癥狀觀察、病原菌形態顯微鏡觀察和培養菌落形態觀察，初步鑒定病原菌為紫變青霉組的紫變青霉菌(p. purpurogenum)。
為防止石榴采后發生腐爛，入貯前需采用有效預防措施處理。有研究表明使用氟菌腈可以抑制由葡萄孢屬引起的石榴灰霉病。氣調貯藏或自發氣調貯藏與其他處理方法相結合也可抑制石榴發生腐爛。
另有報道，石榴使用抗真菌劑山梨酸鉀處理后進行氣調貯藏保鮮，也可以防治灰霉病的發生。
