烤煙苗期澆水是苗床管理的主要內容之一，與培育壯苗關系極為密切，運用水來促進或控制煙苗生長是培育壯苗重要措施?？偟膩碚f，苗期澆水應掌握小水勤澆，水量由小而大的原則。具體可以分三個階段：
由播種至“拉十字”，正是種子發芽，幼苗出土，開始生長階段。雖然需水不多，但是種子和幼根只是在床土表層，表土稍有干旱就能使發芽的種子萎縮，幼苗枯死。所以，在“拉十字”期前，必須經常保持床土濕潤。一般是做床前澆足底水，播種后再澆一遍透水。正常澆水次數可根據具體情況來定，通常是一天澆一次，如表土濕潤，也可不澆水。
從“托十字”到定苗，主要是幼苗伸根階段，澆水應適當控制。每次澆水間隔時間應稍長些，苗床保持干干濕濕，有利于幼根生長，同時也能為下一階段地上部的旺盛生長打好基礎。這一階段澆水往往是結合間苗、追肥進行。施肥后要沖洗煙苗，以防傷苗。噴藥后應暫停澆水，以免藥液被沖洗失效。
定苗至成苗：莖葉生長加快，需水量隨之增多，同時氣溫升高，蒸發量加大，應增加澆水數量。但也要采取干干濕濕的澆水方法，每隔1-2天澆一次，使床面干濕交替，防止地上部莖葉徒長，以促進根系發育，使煙苗壯而墩實。
每次澆水后要進行晾床，這是十分關鍵的環節。澆水后晾床能提高床溫，增加床土通透性，避免高溫多濕，影響煙苗生長或感染病害。在移栽前一周宜少澆或不澆水，進行煉苗，使之適應移栽后的大田環境。移栽前一天為使土壤松軟，便于挖垛或拔苗時多帶土需澆一次大水，在拔苗前再澆一次水。
