在自然條件下，大氣中二氧化碳的含量為0.03%。設施栽培主要在低溫季節，一般與外界空氣交換較少，內部二氧化碳條件與外界有較大差異。
設施中的二氧化碳，除空氣中固有的外，還有果樹呼吸作用、土壤微生物活動以及有機物分解等放出的二氧化碳。設施外設置反應堆提供二氧化碳的方法是：
秋季在棚外把有機肥堆積用塑料薄膜覆蓋，再用塑料管與溫室相通，利用有機質腐爛分解產生的二氧化碳供應設施。
設施內設置反應堆提供二氧化碳，一般是11月在樹行下，從樹干兩邊分別起土至樹冠外緣下方，靠近樹干起土，深10厘米，越往外越深，到樹冠外緣下方深度為20厘米。
將所起土分放在四周，形成埂畦式造型。然后在畦內鋪放秸稈，厚30～40厘米，秸稈在畦四周應露出10厘米的茬頭，填完秸稈后，再將處理好的菌種，按每棵用量均勻撒在秸稈上面。撒完菌種用锨拍振一遍，進行回填覆土，厚8～10厘米。
待大棚蓋膜提溫前10天左右，澆一次大水濕透秸稈，晾曬3天后，蓋地膜，打孔，在膜上用12號鋼筋按行距40厘米、孔距20厘米打孔，孔深以穿透秸稈為準。
設施果樹內置反應堆一般每畝需秸稈3000～5000千克，菌種8～10千克，疫苗4～5千克。肥料、反應堆在發酵過程中會產生甲烷、氨、硫化氫等有毒氣體，應注意通風排出。
另一種方法是在植株間挖深30厘米、寬30～40厘米、長100厘米左右的溝，溝底及四周鋪設薄膜，將人糞尿、干鮮雜草、樹葉、畜禽糞便等填入，加水使其自然腐爛，可產生較多二氧化碳，持續發生15～20天。
