至第５－７天溫度下降，可進行第一次翻堆，盡量做到把原來堆外表的料翻入堆內，底層的翻上頂面。四天后第二次翻堆，再過四天第三次翻堆，這次翻堆可拌入過磷酸鈣、碳酸鈣或石膏，調節酸堿度，并檢查料的含水量，適當補充水分。以后每隔四天翻堆一次，第五次翻堆時可配合噴酒殺蟲劑，并檢查料的氣味、顏色、料的軟化程度、含水量等，即完成培養料的前發酵工作。每次翻堆的間隔時間因天氣而定，溫度高時可３－４天翻堆一次，氣溫低時可５－７天翻堆一次。
蘑菇培養料堆制中，有時會出現一些不正常的情況，而影響培養料的質量。
１、料溫不能升高：可能是糞類太多，堆料壓得過緊，造成厭氣發酵。２、堆料溫度不能升到技術指標的要求：可能是草料過多，堆料太松散，水分不足。３、堆料翻開有白色粉狀物：可能是堆料溫度過高，而且水分不足，高溫性的放線菌大量生長，大量消耗堆料養分。處理辦法是翻堆補充水分。４、堆料發黑，手感粘糊，有臭味：可能是糞類過多，過濕，透氣性差所致。５、草料腐爛，糞塊夾生，有霉味：可能是預浸時處理不妥，草料過分浸泡，且含水量過大。糞塊浸泡不透。再加上前幾次翻堆不妥，料溫不能升高。
二次發酵
蘑菇培養料的二次發酵，也叫后發酵，是在第一次發酵，即培養料堆制或前發酵的基礎上進行的。二次發酵可以在室內進行，也可以在室外進行。
室內培養料的二次發酵可以在第一次發酵的第三次翻堆后的第２－３天進行，趁著料溫回升時把料送入菇房床架上攤平成２０－２５公分厚?；虻谝淮伟l酵的第五次翻堆后第５－６天進房。培養料進房后，封密門窗，不能泄氣。加熱源，可以是熱蒸汽、電源、燒煤炭等。把室溫在８－１２小時內，升到攝氏６０－６５度，保持４－６小時。然后降溫至攝氏５０－５２度，保持４－５天。待溫度降至攝氏２５－２７度即可播種。
