眼菌蚊的成蟲爬在子實體上，不僅影響食用菌的品質，還可攜帶多種病菌、線蟲和害螨。幼蟲是危害食用菌的直接蟲態，幼蟲取食培養料和菌絲體，切斷菇體和培養基內菌絲的聯系，使幼菇枯萎死亡；幼蟲蛀食子實體，引起菇肉發黃，進而枯萎腐爛。
防治方法：搞好菇房內外的清潔衛生，菇房內地面用石灰水噴灑；菇房的門窗、氣孔要安好沙窗，且菇房內晚上盡量不要開燈；利用成蟲的趨光性，在黑光燈下放置盛有0.1%的敵敵畏藥液的容器進行誘殺；必要時可用藥劑防治，方法是出菇前噴灑0.1%的敵敵畏液殺蟲，出菇后噴灑除蟲菊酯等無殘毒的殺蟲藥劑。
菇上的菌蠅危害情況及如何防治?
菌蠅幼蟲危害菌絲體和子實體，嚴重時可把菌絲體全部咬斷，菌床上菌絲消失，料變黑，有臭味。如果為害子實體，則使幼蕾枯死，腐爛，造成絕收。防治方法：在料內拌用除蟲菊酯以殺死蛹枯死，腐爛，造成絕收。
防治方法：在料內拌用除蟲菊酯以殺死蛹和卵；播種后2-3周內菇房的門窗要用紗布封好，以防止菇蠅飛進；袋口料面噴灑除蟲菊酯殺死幼蟲和卵；出菇前如果發生菌蠅，在刮風的天氣或黃昏后，用敵敵畏噴灑。
金針菇上害螨的傳插及如何防治
螨類是金針菇上的主要害蟲之一，有蒲螨和粉螨兩種。蒲螨和粉螨繁殖都很快，都以蘑菇菌絲為食。播種后，常集中在菌塊周圍，咬食菌絲，使被害菌絲不能萌發。菌絲在料內已發滿后，螨先集中在料表面吃食菌絲，嚴重時，料內菌絲會被吃光，造成絕產。菌種感染螨類以后，封口菌絲首先被咬食，變得稀疏或退化。螨類主要來源于倉庫，飼料間和雞舍的粗糠，棉子餅、菜籽餅等飼料中，通過培養料、菌種帶進菇房。菌蚊和菇蠅的成蟲，常是螨類的天敵和傳播者。
防治方法：搞好菇房內外衛生，并使菇房或菇場遠離倉庫和雞舍，菌種內發現螨類，用棉塞蘸50%敵敵畏原液塞瓶熏蒸；培養料用敵敵畏熏蒸悶殺（500千克料用500克敵敵畏），噴藥后密閉24小時即可。
