可以說，所有已知的生態學原理，包括相生相克作用，都可以直接或間接地應用于農業生產，但最基本的原則有以下三條：
第一，生態農業是個整體，它包括種植業、畜牧業、水產業、林果業及加工業，它們相互配合，相互協調，按一定的次序組成一個整體，即形成一個復雜的生產體系，而每一個單項則是這個生產體系的一部分。
第二，物質的正常代謝是維持農業系統穩定的基礎。農業生產中經濟效益和生態效益的大小，物質、能量轉化效率的高低是決定因素，只有了充分熟悉并掌握了種植、放養、施肥等時間因素，并科學地安排農業生產結構和多層利用，使物質循環和能量流動正常進行，才能實現生物資源再生和生態環境的良性循環。
第三，只有保持系統輸入和輸出的平衡，才能維持正常代謝的進行。生物的生長發育與繁殖需要不斷從它的周圍環境中吸取它所必須的物質，不停地影響著環境。而受生物影響的環境，特別是土地環境，又反過來作用于生物。所以，要使生物的生活環境經常滿足生物的生活要求，必須適時補充環境所失去的物質，維持整個系統的活力。
以上三個原理概括起來。就是(1)系統各種成分相互協調與補克的整體原則。
(2)物質循環不息的再生原則’(3)物質輸入與輸出的動態平衡原則。從而可以看出，生態農業是以整體效益為目標，通過技術組配的生產鏈，充分發揮生物與環境生產潛力的協調發展農業，即生態工程系統在農業生產上的應用。
