生物有機肥是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果。
它的作用主要靠自身含有的大量有益微生物進行生命活動來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。
因此，微生物肥料中有益微生物的種類．生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其他肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和有效含量多少為基礎。
生物有機肥作為一種新型的農資產品，其中的有益微生物菌有三大獨特功能：
一是能利用土壤中有機質為碳源、空氣中二氧化氮為氮素，大量生長繁殖的固氮菌；
二是能分解固結在土壤或土壤母質中磷、鉀元素的解磷菌與解鉀菌；
三是能夠拮抗土傳病原菌生長、繁殖的有益菌。
這是生物肥料的主要功效。例如，各種自生、聯合或共生的固氮生物肥料，可以固定空氣中的氮素，增加土壤中的含氮量。
多種分解磷鉀礦物的微生物，如硅酸鹽細菌能分解土壤中的鉀長石、云母及磷礦石，使其中難溶的磷、鉀有效化。
根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其一生需要量的30%-80%；va菌根是一種土壤真菌，它可以與多種植物根共生，其菌絲伸出根部很遠，可以吸收更多的營養供各種植物利用，其中以對磷的吸收最為明顯。
