同水草一樣，水綿、水網藻和湖靛同樣是苗種的常見敵害。在池水較淺、較清的條件下極易生長水綿和水網藻；在富含有機質和含氮量高、pH值高、水溫高的水體則易于滋生湖靛。
如何清除和控制水綿、水網藻和湖靛等敵害生物呢？清除水綿、水同藻等絲網狀藻類的方法較多，但要及早發現，及時清除和殺滅才有良好效果。
當池邊可以看到少量絲狀藻類時，可采用局部（池邊）高濃度硫酸銅（大于0.7克／立方米）殺滅十分有效。
當可以看到一定數量絲狀藻類時，也可局部用高濃度硫酸銅殺滅或用草木灰撤在其上，同樣有良好效果，而不造成對魚、水質顯著影響；
當絲狀藻類布滿大部分水面時，藥殺效果不佳，可通過人工撈取，或拉阿撈出，并結合局部藥殺可收到較好效果。
控制水綿和水網藻等絲網狀藻類的關鍵是要改變水質過于清瘦狀態，即對池塘施用適量肥料，改變水的顏色，降低透明度，減弱光照強度，以抑制絲狀藻類的生長。
至于湖靛，一般在高溫季節，堿性水體和有機質過多的條件下，藍藻（微囊藻等）形成絕對優勢，附在泥層表面，在強光下產生氣體呈塊狀浮出水面。
藍藻不斷繁生，不斷死亡，分解后產生有害物質（羥胺、硫化氫等），影響魚類生長、甚至造成死亡。
這種水質非常頑固，長期不變，危害很大。一般通過大量換水、機械增氧，攪動水體和補磷或加施微生物菌肥和其他微生物制劑等多種途徑進行水質的根本性改變，才能抑制其生長。
此外，試驗表明羅非魚可以消化利用湖靛，所以可通過飼養羅非魚控制湖靛生長。
