在飼養管理上，發酵床養豬與傳統養豬模式沒有特別的地方，只是在墊料發酵和墊料的維護管理上有一些特殊的要求。只有在墊料發酵成功和保證墊料在飼養過程中正常發酵，才能保證豬的健康成長和豬只排出的糞尿完全分解，實現健康養豬和真正意義上的零排放。于是，對墊料的日常管理和維護就顯得十分重要。
1. 微生物酵素必須嚴格按比例添加，不能過低也不能太高。
2. 飲水系統要確保正常供水，不能缺水。夏季水溫不能過高，冬季水溫不能過低。
3. 供料系統要確保正常供料，不能缺料，否則豬只會因饑餓采食墊料，引起消化不良或胃潰瘍等消化系統疾??；或造成營養缺乏，生長緩慢。特別應注意要有足夠的采食和飲水空間。
4. 對污染墊料，嚴重者廢棄，輕微者重新發酵后方能使用。 對發酵失敗的墊料，應進行第二次發酵，成功后方能使用。
5. 墊料正常運行使用的判定
（1）中部溫度在40℃~45℃之間；（2）氣味：酒香味十木屑味，無霉變味；（3）30厘米以下部分水分明顯較上層少；（4）在30厘米以下部分有白色的菌絲；（5）20厘米以下部分無氨味、無臭味；（6）色澤較一致。
