在家兔日糧中長時間添加（或劑量過大的）抗菌素，會引起兔消化道菌群失調，表現出食欲不振，下痢或便秘，口腔粘膜炎癥、潰瘍，眼角和耳廓后的周圍皮膚病變：消瘦、虛弱；幼兔發育不良或受阻，死亡率高：妊娠早期母兔的胚胎死亡，公兔精液品質下降。長期添加小劑量抗菌索，雖然看不出有較大影響，但多產生抗藥性，一旦發病，治療困難。劑量很大時，可引起家畜中毒，死亡。
因此，使用抗菌素治療家兔疾病要有針對性，如巴氏桿菌對青霉索、鏈霉索敏感，鈞端螺旋體對土霉索、鏈霉索敏感，弓形體對磺胺藥敏感，用之效果好，治療家兔慢性疾病，往往用藥時間較長，為避免產生抗藥性，提高療效，常選用二種甚至三種抗菌索，如將莫能霉素與土霉素同時或交替添加在口糧中喂服，并注意補給。四環素與氯霉索沒有協同作用而不應一起使用；土霉索與桿菌肽兩者有拈抗作用也不可同時應用（氯霉索與鏈霉索例外）。用磺胺類藥的注射劑溶解青霉紊，則青霉素效值降低，甚至喪失，因為磺胺藥溶解為堿性，青霉素溶液為弱酸性，若分開注射，由于兔體液的緩沖作用，是允許的。
免疫注射前后和將要屠宰的兔只，應避免使用抗菌素，以免影響兔疫效果和殘留在兔肉里影響人體健康。在治療兔腹瀉疾病時，抗菌索不能與活性碳等吸附藥聯合使用，因為活性碳能大量吸附抗菌素，使抗菌素不能發揮作用。
