馬來龜的形態在龜科中可算較獨特的了。其外形總的來說有些像大頭烏龜。最為突出的是它的頭部寬大，吻鈍，雙顎粗壯，枕后的咬肌發達，使整個頭部都顯得強而有力。背甲長圓形，中等隆起，具明顯的三棱，側棱與中央脊棱靠近，離緣盾較遠。緣盾光滑，不呈鋸齒狀。四肢具蹼，尾短小。
馬來龜整個龜看起來為黑白兩色的。頭頂光滑，深黑色，向后至枕部，著生有大片的枕鱗，并與前方光滑的頭頂以一雙弧形的界線截然相分。再向后，頸部為灰黑色。頭頸的下方為較淺的深灰色。自吻端上方經頭頂邊緣，過眼上方至眼后上方有一白色條紋，稍有間斷，繼而自眼后上方沿頸上部一直向后伸展，逐漸變寬。另一條紋從吻端與上述條紋相連，并從眼前斜向下至眼前下方沿口裂上方過眼下一直伸向后，亦為白色。
馬來龜從側面看，白色條紋在頭側圍成缺少一邊的長方形。從正面看則似眼鏡框架。鼻孔周圍有豎直的白色細條紋，4-6條，有大有小，有的形成“m”形。頭側的兩條白紋間一般無斑，但有的個體會出現斷續不連的白斑。
馬來龜的眼十分奇特。一般龜都是淡色的虹膜中央有一黑瞳孔，或貫穿瞳孔有一黑線，但馬來龜則在虹膜上環瞳孔有一圈線紋，眼瞼周邊也由斷續白線環繞整個眼睛，如同打靶的靶環一樣，黑白相間，呈同心圓狀。下頜粗壯上彎鑲于上顎的缺口內。下頜也有兩白色條紋一直向頸腹伸展，在頸下還有一些灰白色小斑點。
馬來龜背甲在潮濕的時候，呈黑色，并光亮，干時略發褐色，緣盾邊緣黃色。有的個體背甲不呈黑色，幾乎是紅褐色或栗子皮色。通常，在肋盾與緣盾接縫處，即龜甲新生長處，色淡，有的呈黃褐色，遠看似有一圈淡色環紋。腹甲黃色或淡黃色，緣盾下方及甲橋亦然，且在每塊盾片上均有近似于三角形的灰黑色斑塊。四肢灰色，有些棕黃色不鮮明的碎斑紋，指趾背具黃斑。尾背亦有黃斑，有的尾梢都是黃色的。
