水族箱養魚，要求水清魚鮮，保持水質的澄清是首要的任務。在夏季炎熱時，每日均需清污一次，其他季節可適當延長清污時間。一般每隔4-5天清污換水一次即可。
這是因為，金魚在呼吸過程中不斷排出二氧化碳，養魚的水液中亦可吸收空氣中的一部分二氧化碳（二氧化碳在25℃的水中能溶解0.75%左右），從而造成養魚容器內水中二氧化碳含量的增多，妨礙了氧氣的供應。金魚排泄的糞尿中的主要成分氨、氮既可以刺激魚體，又可在水中化合而消耗氧氣。另外，金魚吃剩下的餌料，水族箱中裝飾用的水草，在水中時間過久也會腐敗變質，分解為有機酸，從而破壞水質。為了保持養魚容器的清潔衛生，就需要把魚糞、殘餌等污物吸出，并適當添注新水，以防止二氧化碳含量過高，造成養魚的水液中缺氧現象。
清除污物的方法是用膠皮管吸除沉積在水族箱底部的污物及不潔的渾水，先取膠皮管并灌滿水用手指各堵緊兩端管口，不要讓水流失，然后將膠皮管移至水族箱底部，另一端置于箱外，其位置略低于水族箱底部，下置盛水容器，當兩手同時松開時，底部污物即被吸出，再順序徐徐移動位置，至底部全被清除一遍，底部污物即會被全部吸出。用抹布攘去水族箱壁上的污物和水漬后，再徐徐添入與吸出等量的經過晾曬的新水。
清污操作時，如有水草、奇石等被碰浮起或倒下，應隨即恢復原狀。同時還要注意，用橡皮管子排水時，要用手提著管壁，以免排水時過大的吸力造成金魚被管子吸住，引起鱗片脫落而受傷或其它部位的損傷，如水泡眼的破裂等。也不要將沙子吸出來。一般情況下，每次換水只換出原養魚容器中的1／3至1/2，最多不超過2/3，以避免因水溫水質相差而對魚體造成不利影響。還應該注意的是，在往養魚容器中徐徐加入新水時，如果里面有較大的山石，可將水注在山石上，以減少水柱沖力對魚體造成的影響；如果養魚容器中沒有山石，可放入一塊洗凈的小木板，加水時將水液沖在木板上，并向四周分散，達到緩沖的目的。
