為了達到預期的育種目的，種貂場應有明確的育種計劃，首先對現有貂群進行調查分析，總結其優缺點。然后在遺傳學理論的指導下，根據分析結果提出育種指標，制定具體育種方案。育種要與改善飼養管理相結合，給種貂創造良好的營養條件和環境條件。水貂育種目前多采用近交和雜交兩種方法。
(1)近交育種。由同一祖先且親緣關系較近的水貂進行交配為近親交配，如子親回交，壘同胞交配、半同胞交配、表親兄妹交配等。近親交配會造成后代明顯分離，在分離后的后代中，經若干代有目的地近親交配選育，就能形成幾個不同的品系（純系）。
這種育種方法稱近交育種，是育種工作中用來改良動物品質的一種有效手段。雖然近交后代常伴有缺陷出現，但并不都是有害的?，F在的許多優良家畜品種都是用近親繁殖的方法，通過大量淘汰不良個體培育而成的。常用的近交育種方法是品系育種，具體做法是：選擇1只或幾只近親的，具有優良性狀的雄貂作為品系繁殖的基礎貂，用幾只在貂群中選擇出來的優良雌貂與之交配，然后再在后代中選擇優良個體進行近親交配（以半同胞近交為最佳，可避免因近交程度增加太快而造成近親衰退）。在子二代中再選擇優良種貂進行同質選配。經過3～4代近交選育，即可獲得與祖系（指各組品系基礎雄貂）同樣優良的，甚至超過祖系性狀的種貂群。
由于近交繁殖的后代常伴有缺陷出現，甚至造成生活能力和生產性能全面減退，所以在近交育種過程中，要嚴格淘汰不符合種貂條件的個體，以防止在優良性狀提高的同時出現近交衰退現象。
(2)雜交育種：將2個或2個以上不同品種、不同品系的個體進行交配，利用雜種優勢達到育種的目的。水貂雜種優勢主要表現在繁殖力、泌乳力，生長速度，抗病力以及生活力方面。水貂雜交的母本一般采用本地貂，父本多用引進優良雄貂，父、母本一定是具備本品種特征的純種，并且還要對各種性狀的遺傳性有所了解，以預測雜交后代可能出現的遺傳現象。
