在大棚蔬菜施肥方面，只有始終堅持以有機肥料為主，并且經常追施有機肥料，才能夠為作物提供最為全面的肥料供應，持續滿足作物光合作用對于二氧化碳的需求，避免作物出現缺素癥等生理性病害，避免土壤鹽漬化。
一、化肥的施用量過多
化肥的施用量過多，而有機肥的施用量偏少。這種現象極為普遍，這是因為多數菜農仍然在沿用露天栽培的管理技術來管理大棚蔬菜。他們沒有充分認識到大棚內栽培的蔬菜作物，其生態環境已經發生了變化，制約產量高低的主要因素，已經從肥料的科學施用轉變為溫度、濕度是否合理以及室內空氣中二氧化碳的含量是否充足。
化肥對于這兩個方面起不到什么作用，而有機肥料不但能夠為作物提供各種肥料元素，更為重要的是有機肥料還能夠源源不斷地釋放二氧化碳，提高土壤溫度。所以在大棚內栽培蔬菜作物，必須以施用有機肥料為主。
二、盲目增大施肥量
尤其是氮肥的施用量過多。目前有些菜農依然存在著施肥量越高，產量就越高的陳舊觀點，盲目地增大施肥量，卻忽視了土壤的養分狀況和作物的實際需要量，從而導致肥料的利用率低下、土壤環境惡化，經濟效益、生態效益和社會效益都出現下降。
三、撒肥、翻掘、澆水、覆膜不同步
在進行追肥操作的時候，不開啟通風口，或者不能嚴格執行“撒肥、翻掘、澆水、覆膜同步進行”的技術規程。往往是先把所有的或者大部分肥料撒上，然后進行翻耕、澆水、覆膜。這樣的做法必然會造成大棚內氨氣的濃度過高，危害植株，輕者葉片邊緣及葉尖干枯，中等程度的受害者部分葉片干枯，嚴重時甚至會使植株萎蔫死亡。同時還會造成大棚內濕度過大，引發病害的發生與蔓延。
四、追肥仍習慣以速效化肥為主
雖然在基肥方面注意了施用有機肥料，但是在追肥時仍然習慣以速效化肥為主?；手荒芴峁追N有限的肥料元素，它無法解決二氧化碳的供應問題。一旦大棚內二氧化碳的濃度降低，制約了光合作用的效率，那么即使速效化肥追施得再多，也是毫無意義的。
相反，速效化肥追施得偏多，特別是氮素化肥的施用量偏多，會提高作物產品中硝酸鹽、亞硝酸鹽的含量，使蔬菜產品成為對人體有害的致癌產品而無法食用。
