《中華人民共和國土地管理法》、《基本農田保護條例》和國土資源部制定的有關規章對基本農田保護制度做了規定。這些制度概括起來主要有以下幾個方面：
(1)基本農田保護規劃制度。各級人民政府在編制土地利用總體規劃時，應當將基本農田保護作為規劃的一項內容，明確基本農田保護的布局安排、數量指標和質量要求。
(2)基本農田保護區制度?？h級和鄉（鎮）土地利用總體規劃應當確定基本農田保護區，保護區以鄉（鎮）為單位劃區定界，由縣級人民政府設立保護標志，予以公告。
(3)占用基本農田審批制度?；巨r田保護區經依法劃定后，任何單位和個人不得改變或者占用。國家能源、交通、水利、軍事設施等重點建設項目選址確實無法避開需要占用基本農田，涉及農用地轉用或者征用土地的，必須經國務院批準。嚴禁通過調整各級土地利用總體規劃變相占用基本農田。
(4)基本農田占補平衡制度。建設占用多少耕地，各地人民政府就應補充劃入多少數量和質量相當的耕地的行為。
(5)禁止破壞和閑置、荒蕪基本農田制度。禁止任何單位和個人在基本農田保護區內建窯、建房、建墳、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進行其他破壞基本農田的活動。禁止任何單位和個人占用基本農田發展林果業和挖塘養魚。禁止任何單位和個人閑置、荒蕪基本農田。
(6)基本農田保護責任制度。并作為考核領導干部政績的重要內容。
(7)基本農田監督檢查制度?？h級以上地方人民政府應定期組織土地行政主管部門、農業行政主管部門以及其他有關部門對基本農田保護情況進行檢查，發現問題及時處理或向上級人民政府報告。
(8)基本農田地力建設和環境保護制度。地方各級人民政府農業行政主管部門和基本農田承包經營者，要采取措施，培肥地力，防止基本農田污染。
