發酵床良好運行的過程就是功能茵群正常生長繁殖的過程。功能菌的生長條件包括墊料要適合碳氮元素比例的營養源、相對充分的氧氣供應、合適的溫度、適合的水分含量和ph值等。
一、發酵床菌體生長的營養源
糞尿中能量物質包括末被消化利用的碳水化合物、蛋白質利其他含氮物質(粗蛋白)等，是發酵菌群代謝活動的主要能量來源。
生產實踐證明，發酵床的墊料原料必須選用碳氮比大于25：1的材料相配合，才能使發酵正常進行。
二、發酵床墊料的透氣性
發酵床功能菌的生長活動以有氧發酵占絕對優勢。滿足氧氣供應是保證發酵的前提，同時需要及時排出發酵生成的廢氣和煎騰的水汽。這就需要墊料有良好的透氣性。
反之，如果墊料的透氣性差，氧氣供應不足，厭氧微生物活動增強，墊料中的微生物以腐敗菌群占主導，這樣就不能正常降解糞尿，而是生成大量的腐殖質，使氯素積留墊料中，這樣墊料會快速老化，最終發酵床功能失效。
三、墊料的吸水性和水分含量
水分是發酵苗群正常生長的基本保證，也是保障墊料中養分和微生物移動的條件。墊料水分含量直接影響發酵床的運行效率和成敗。水分過少會抑制發酵菌群生長，但過多對發酵更不利。
水分過多不但使發酵產生的溫度過快散失，中間發酵層不能積存較高溫度，而且減少墊料中空氣的含量、阻礙空氣在墊料中的流動和交換，影響發酵過程氧氣供應和廢氣排出。
一般來說，發酵床墊料中水分含量在40％左右最有利于發酵。墊料較強的吸水條件是發酵床保持合適水分含量的重要條件。
四、適宜的酸堿度
發酵床功能菌的適合酸堿度一般在7．5左右。過高過低都損害功能菌的正常生長。正常運行的發酵床墊料會自動調節自身的酸堿度，不用人為特別干預。
