雖然發酵過程中產生有機酸類物質，但同時也生成大量的氨。氨是堿性，與酸類中和生成鹽類，使墊樹酸堿度接近中性。墊料偏堿性時會加速氨氣的揮發，使堿性物質減少，而偏酸性條件則利于形成比較穩定的銨鹽，減緩氨氣的揮發。這樣就形成了穩定的酸堿調節機制。
五、適宜的厚度
發酵床墊料必須保持適宜的厚度范圍。這有兩方面的需要：
一是只有相當的厚度才能保證單位面積內的發酵空間和發酵功率，以滿足最大限度地降解糞尿的目的；
二是只有相當的厚度才能有足夠的上下保溫層保護中間發酵層的熱度和正常運行。但墊料太厚，則會導致發酵層溫度太高，發酵層透氣不良，反而影響發酵效果，同時墊料過厚，不僅使采購墊料的投資過大，也增加以后翻動墊料的難度。
干式和半干式發酵床養雞適宜的墊料厚度為40厘米左有，而濕式發酵床則要求墊料達到50—60厘米厚度，甚至更厚。
六、適宜的溫度
發酵床功能菌的正常生長還需要適合的溫度。每種功能曲對溫度的適應性也有差異。一般來說，發酵床最適合的發酵溫度為30—40℃。特別是在發酵床啟動階段更需要適宜的溫度。溫度過低不能形成有效的發酵，長時間的低溫還會使發形功能面衰敗。
在實際應用中，雞舍內的溫度環境完全能達到發酵床發酵的要求，不用專門升溫或降溫。
