真菌毒素是有些霉菌在生長過程中產生的有毒代謝產物。原糧中常見的真菌毒素有：
1、黃曲霉毒素
黃曲霉毒素理化性質穩定，269℃才被破壞，是污染最普遍，毒性和致癌性最強的真菌毒素。急性中毒表現為嘔吐、發熱、食欲不振、黃疸，嚴重者出現腹水、下肢浮腫、肝大、脾大，常發生突然死亡。
流行病學調查表明，人類肝癌發病增加與攝入黃曲霉毒素相關，肝癌高發區的食品常被嚴重污染。有肝炎的人受到黃曲霉毒素侵害時，更容易引發肝癌。
2、赭曲霉毒素
是一種腎臟毒素，具有致畸、致癌及免疫毒性。理化性質穩定。攝入后主要導致腎臟病變，是一種慢性進行性疾病，往往造成死亡。尸檢癥狀腎臟明顯縮小、腎間質纖維化、腎小管變性，腎盂癌、輸尿管癌與此毒素有關。
3、脫氧雪腐鐮刀菌烯酮，即嘔吐毒素
該毒素理化性質穩定，酸性條件下不破壞。中毒后主要表現為消化系統和神經系統癥狀，主要有惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、頭痛、頭暈等，有的出現乏力、全身不適、顏面潮紅、步伐不穩等醉酒樣癥狀。無死亡報道。
4、玉米赤霉烯酮
理化性質穩定，玉米中污染最普遍。它是非固醇類，具有雌激素性質的真菌毒素，主要作用于生殖系統，母豬最敏感，可引起不育、流產等。未見引起人類中毒的報道，但與雌激素相關的人類疾病可能與該毒素有關。
